Selepas memilih bersara awal dari perkhidmatan di Universiti Malaya pada tahun 2016, Dr Mohd Zuhdi Marsuki, telah dilantik sebagai Rektor di Kolej Universiti Islam Zulkifli Muhammad KUIZM, sebuah kolej pengajian tinggi yang dimiliki oleh Pas.
Apabila kerajaan Pakatan Harapan tumbang dan diganti dengan kerajaan baru Perikatan Nasional pada 1 Mac 2020, beliau telah dilantik sebagai Setiausaha Politik kepada Menteri Alam Sekitar dan Air, Datuk Seri Tuan Ibrahim Tuan Man.